重点实验室是国家环保科技创新体系的重要组成部分，是组织环境领域基础研究和应用基础研究、聚集和培养优秀环保科技人才、开展学术交流、促进学科发展的重要基地，是开展环保科技国际合作的重要平台。
2012年12月11日，环境保护部下发《关于加强国家环境保护重点实验室建设的指导意见》，根据该指导意见，到2015年，在涉及当前和今后 一段时期国家环保工作的重点领域和学科方向，新建成10个左右重点实验室，到2020年，再建成10个左右重点实验室，基本建成与国家环境保护管理决策科 技需求相适应的重点实验室体系。重点领域与方向：水污染防治领域；河流环境模拟与污染控制、地下水环境模拟与污染控制、农村面源污染控制等方向；大气污染 防治领域；固体废物污染防治与化学品管理领域；生态保护和建设领域；土壤污染防治领域；环境与健康领域；环境监管技术领域；核与辐射安全领域；全球环境问 题研究领域以及环保功能材料研究、重金属污染防治等方向。
根据环保部网站20号信息，截至目前已经通过验收并命名的重点实验室有19个，批准建设的重点实验室11个。其中，2013年2月16日，又一 重点实验室——以清华大学为依托单位的国家环境保护大气复合污染来源与控制重点实验室通过环保部批复，该实验室建设期两年，面向我国环境保护战略需求，围 绕大气复合污染源排放表征理论与技术方法、大气复合污染多维溯源理论与技术方法、大气复合污染控制和空气质量管理科技支撑平台等方向，开展大气复合污染来 源与控制领域的前瞻性和应用性研究，培养一批优秀的创新型骨干人才和领军人才，努力建设产学研联盟，建成国际一流水平的重点实验室和开放性交流服务平台， 为区域大气污染联防联控提供技术支撑和决策支持。
另据环保部信息，截止2012年10月12日，已经有14个工程技术中心通过验收并命名，16个工程技术中心批准建设。
国家环境保护重点实验室名单
一、通过验收并命名的重点实验室：
二、批准建设的重点实验室：
国家环境保护工程技术中心名单
一、通过验收并命名的工程技术中心：
二、批准建设的工程技术中心：